En 2022, grâce à l’évolution des ordinateurs quantiques, il est maintenant possible de transféré son esprit dans le cyberespace. Un jour, Shiki la demi-sœur de Remu, qui a sauté plusieurs classes et qui a intégrée la prestigieuse académie “Okinotori-island Mega Float City (OMFC)” à l’âge de 14 ans, révèle à son demi-frère qu’elle souhaite être envoyée dans le cyberespace. Malgré sa surprise, Remu accepte cette décision. Mais un accident survient pendant le transfert et l’esprit de Shiki se perd dans le flot de données ne laissant plus qu’un corps vide. Remu se rend alors à l’OMFC afin de récupérer les affaires de sa demi-sœur, lorsqu’il arrive dans la chambre il trouve Shiki qui s’est enfuie de l’hôpital, mais la jeune fille lui révèle ne pas être Shiki et qu’elle en a juste pris le corps. C’est alors que l’appartement est attaqué…