L'histoire se passe 10 ans après les événements de la première saison. La bataille pour la succession qui s’est déroulée sur trois générations de shogun pendant l’ère Keichô a atteint son apogée lorsque de sanglants affrontements ont vu s’opposer les clans Kôga et Iga. Au milieu d’une pluie de pétales de cerisiers, un homme et une femme qui avaient décidé de vivre leur amour impossible furent séparés à jamais. Nous sommes désormais à l’ère Kan’ei. La paix est revenue et les ninjas sont devenus inutiles, la plupart se retirant discrètement. Cependant, un nouveau complot se trame et deux enfants, Hachirô Kôga et Hibiki Iga, seront les témoins d’une nouvelle bataille.