Nous retrouvons donc notre pirate préféré, sur une planète autre que la Terre. Certains scientifiques disparus semblant zombifiés déclenchent un canon géant, alors que Tadashi retrouve son père mort et reçoit une puce électronique lui appartenant. Bientôt, le laser rouge déclenché par les scientifique heurte notre planète et celle-ci disparaît sous les yeux du capitaine Herlock et de ses compagnons. À partir de ce moment commence leur aventure pour la retrouver et mettre hors d’état de nuire les mystérieux scientifiques qui servent peut-être un certainNoo…