Ghost in the Shell Arise: Alternative Architecture est la version TV des films Ghost in the Shell : Arise. Il contiendra deux épisodes inédit lié à celle-ci et sera aussi chargé d'introduire le film d'animation qui sortira en été 2015 : Ghost in The Shell The New Movie. En l'an 2027, un an après la fin de la Quatrième Guerre Mondiale non-nucléaire. Une bombe explose à Newport City, tuant un marchand d'armes majeur qui pourraient avoir des liens avec la mystérieuse Organisation 501. L'officier Daisuke Aramaki de la Sécurité Publique, engage Motoko Kusanagi pour enquêter sur cette affaire, elle aura avec elle sur le cas Batou qui croit qu'elle est une criminelle, Togusa, un détective de la Préfecture de Niihama, qui enquête sur une série de meurtres de prostituées, qui selon lui, est liée à l'incident, et le lieutenant-colonel Kurtz de l'Organisation 501 qui souhaite également garder un œil sur Kusanagi.