L’histoire nous plonge dans la vie tumultueuse de Kinji Tôyama, élève en deuxième année dans la section d’investigation du lycée Butei de Tôkyô (établissement spécialisé dans la formation de détectives armés) dont il espère être transféré, car il aspire à une vie paisible. Tombé dans un piège à la bombe tendu par un tueur en série qui ne s’en prend qu’aux Butei, Kinji est alors miraculeusement secouru par Aria H. Kanzaki, une petite rouquine superactive adepte des combinaisons flingues-katana et as de la section d’assaut. Cela rend Kinji mal à l’aise, car la proximité physique d’une fille (notamment de ses charmes…) réveille parfois une force enfouie en lui dont il n’a pas la maîtrise. Suivi de près par Aria qui se retrouve dans la même classe et qui n’hésite pas à squatter chez lui pour l’obliger à devenir son partenaire, Kinji va être amené à replonger dans l’univers des Butei, la quête d’Aria et les tourments de son propre passé…