Dans un Grand Japon du XXIe siècle où le shogunat Tokugawa a perduré, Muneakira Yagyû, un jeune samouraï, se rend à l’académie de Buô, située au pied du mont Fuji, sur la demande de Sen Tokugawa, une amie d’enfance, également vice-présidente du conseil des étudiants : elle a besoin de son aide concernant de mystérieuses disparitions… Mais avant de la retrouver, Muneakira fait la rencontre pour le moins percutante de Yukimura Sanada et Matabei Gotô, deux samouraïs du clan Toyotomi, opposé au clan Tokugawa. Alors qu’un conflit éclate entre les deux jeunes filles et des membres du conseil des étudiants, une lumière éblouissante apparaît dans le ciel : une jeune femme en descend, tombe dans les bras de Muneakira, l’embrasse et se transforme ainsi en samouraï d’une puissance dévastatrice. Le premier maître samouraï est apparu, mais saura-t-il éloigner cette ombre menaçante qui plane au-dessus du Grand Japon ?