À l’écart des grandes villes, Karakami est un village dont le temple dissimule un important secret depuis l’Antiquité. Une entité considérée comme étant un dieu y a été découverte à cette époque et certains enfants, appelés plus tard Seki, ont développé la capacité de la contrôler. Faisant parti de ces Seki, Kyohei Kuga est un adolescent qui a décidé de couper les liens avec son village afin de partir étudier à l’université de Tôkyô. Cependant, peu de temps après son départ, son ami d’enfance qui était jusqu’alors enfermé dans son village en raison de son comportement violent s’évade afin de le retrouver. Les nouveaux incidents qui en découlent font comprendre à Kyohei qu’il ne pourra finalement pas fuir ses origines.