L'histoire se déroule dans le quartier des antiquités, à Kyoto. Le père de Kiyotaka Yagashira, surnommé Holmes pour ses talents de déductions, est le fils d'un antiquaire possédant une petite boutique dans le quartier. En compagnie de la jeune Aoi Mashiro, une lycéenne qui travaille à mi-temps dans la boutique, il élucide de nombreux mystères.