En raison d'une attaque terroriste, un virus infectant le cerveau fut libéré sur une large zone civile. Les habitants virent leur perception du monde être modifiée et devinrent capables d'apercevoir des entités que l'on ne pensait qu'imaginaires telles que les youkai ou monstres issus de différentes légendes. Le gouvernement déclara immédiatement l'état d'urgence et regroupa ces derniers sous le nom de Phantoms. Par ailleurs, des enfants développèrent des capacités spéciales leur permettant de combattre ou de sceller les Phantoms jugés dangereux pour les humains. Haruhiko Ichijou et Izumi Reina sont deux étudiants de l'académie Hosea qui réunit les adolescents vérifiant ces conditions. Comme leurs camarades, ces derniers se voient régulièrement attribuer des missions afin d'assurer la cohabitation entre humains et Phantoms.