Noein conte l'histoire d'une guerre qui prend place dans le futur, où deux dimensions s'affrontent : Lacryma, celle des hommes (tentant de sauver leur monde) et Shangri-La, dirigée par le mystérieux Noein. Les habitants de Lacryma plongent dans les dimensions passées et futures afin de retrouver le Torque du Dragon. L'un de ces explorateurs va finalement découvrir le précieux objet incarné en la personne de Haruka. Écolière ordinaire, elle se retrouve impliquée dans un conflit la dépassant, elle et son meilleur ami Yuu, enfant tourmenté qui ne souhaite que fuguer, et découvrira avec stupéfaction l'identité du mystérieux explorateur et kidnappeur nommé Karas.